Классический характер и организационная форма императорских российских университетов, фундаментальность самой университетской институции и реализации учебного процесса, обуславливали на всем протяжении имперского периода их устойчивую организационно-образовательную структуру. Сложившееся еще с XVIII века институциональное оформление учебного процесса предусматривало следующую структуру: кафедра – отделение – факультет (с некоторыми возможными вариациями в разные периоды). Особенно это стало характерным для позднего периода существования классических университетов, при наличии «сложных» факультетов – физико-математического и историко-филологического. Эта структура просуществовала в неизменном виде вплоть до начала советских преобразований в университетах сразу же после революции.

Вместе с тем, необходимо отметить и особенность – система обучения с ранних периодов начиналась со свободы выбора и предметной системы, которая,  со временем, трансформировалась уже в курсовую систему с жёсткими пятилетними сроками обучения, рамками прохождения курса и сдачей ежегодных экзаменов. Так, нововведением университетского устава 1835 г. был отказ от подготовительного курса наук и переход на четырехлетний курс обучения (пятилетний – для медицинских факультетов), который сохранялся до окончания имперского периода. Позднейшие университетские уставы определили общий 5-летиний срок подготовки студентов по всем факультетам.