Классический характер и организационная форма императорских российских университетов, фундаментальность самой университетской институции и организации учебного процесса не способствовали тому, чтобы в недрах самих университетов, а также Министерства народного просвещения (в чьем ведомстве и находились университеты) проводились сколько-нибудь заметные изменения. Общие уставы императорских университетов, в зависимости от векторов внутренней политики, могли изменять форму организации и структуры управления в университетах, изменять степень их автономии, принципы формирования профессорско-преподавательского корпуса, решение «студенческого вопроса» и т.п. Но сам учебный процесс, в силу его консервативности и фундаментального характера подготовки оставался неизменным. Никакие эксперименты или радикальные нововведения не могли проникнуть в университетские недра.

При этом необходимо отметить отличия в порядке организации учебного процесса в Московском университете XVIII века от учебного процесса в российских классических университетах XIX и начала XX века. Университет XVIII в. опирался на еще не отжившие средневековые традиции (например, организация диспутов, система свободных наук и т.п.) а в XIX веке российские университеты начинают уже входить в систему европейских университетов нового времени, происходит унификация и консервация учебного процесса.