В имперский период кафедры не являлись административно-штатными единицами университета, а представляли собой штатную позицию в соответствии с направлением науки и преподавания.
Кафедральная структура начала складываться в середине XVIII в., с открытием Московского университета (1755 г.). В соответствии с четырьмя уставами, принятыми в течение XIX в., количество кафедр систематически росло: 1804 г. – 28, 1835 г. – 35, 1863 г. – 53, 1884 г. – 65. При этом кафедры не проводили обязательных заседаний, не принимали никаких решений, и не имели формального главы. Количество кафедр почти равнялось количеству ординарных профессоров, которые де-факто и были их руководителями. 
В период революционных радикальных преобразований, в 1920-е гг., лидирующую роль в деле организации учебного процесса играли не кафедры и факультеты, а предметные комиссии, предусмотренные Положением о высших учебных заведениях РСФСР (1921 г.).
С начала 1930-х гг., с упразднением предметных комиссий, роль кафедр в учебном процессе становилась ведущей. Именно с этого десятилетия начал формироваться тип университетской кафедры как:
- базовой административной единицы вуза,
- основного оператора учебной деятельности, отвечающего за ряд смежных дисциплин,
- олицетворения научно-педагогической школы.
В количественном отношении в 1930-е – 1950-е гг. в университетах в среднем насчитывалось около 50 кафедр; в 1970-е – 1980-е гг. – около 75 кафедр.
В постсоветский период, на протяжении 1990–2000-х гг., сохранялось сложившееся положение кафедры в университетской системе.
Однако с 2010-х гг., с введением Федеральных государственных образовательных стандартов третьего поколения, акцент в организации учебного процесса стал переноситься от кафедры к образовательным программам, и, соответственно от фигуры заведующего кафедрой – к фигуре руководителя образовательной программы. В отдельных вузах возникла практика отказа от кафедральной структуры. Но в большинстве университетов она сохраняется.