Во все три периода истории отечественных университетов (имперский, советский, постсоветский) роль государственных органов при определении фигуры ректора и в целом – общего управления университетом была велика и остается таковой. Правда, в ранний период, по уставу 1804 г. в российских университетах ректор был выборной должностью и его избирал совет университета. По уставу 1835 г. избранный профессорами ректор должен был уже получить утверждение у попечителя и у министра. Устав 1863 г. вернул выборность ректора, а консервативный устав 1884 г. предполагал назначение ректора министром. Революция 1905–1907 гг. принесла «Временные правила», которые вновь дали возможность университетской корпорации избирать себе ректора. С начала 1920-х гг. новая власть уничтожила автономию университетов, ректор (директор) назначался государственным органом, с 1938 г. по типовому уставу это стал профилирующий наркомат. Вернулась модель, заложенная в уставе 1884 г. выборность ректоров российские университеты получили лишь в 1987 г., формально она существует и по сей день, но с 2000-х гг. ряд условий (прежде всего – необходимость утверждать кандидатуры в министерстве, право министерства увольнять ректора) свели университетскую автономию в этом вопросе к минимуму.