Бюджетное финансирование в самых разных сферах зачастую критикуется за невозможность бюрократическими структурами контролировать эффективность расходуемых средств, и в этом отношении советская наука (в частности, и университетская) особенно уязвима для критики. Понимание этого было и в кругах советского истеблишмента, который разделил финансирование науки на госбюджетное и хоздоговорное (получаемое от заказов согласно договорам, заключенным, как правило, с промышленными предприятиями, которые также были государственными, а хоздоговорное финансирование представляло собой перераспределенные бюджетные средства). Такая градация должна была стимулировать ученых заниматься полезной для народного хозяйства деятельностью, что и было главным мерилом эффективности научной работы. Однако отсутствие института частной собственности, независимых от государства игроков в промышленной империи СССР не дают оснований говорить о смешанном финансировании, хотя, повторим, определенные попытки создавать эти противовесы и основанную на них конкурентную среду были. При этом привилегированным госбюджетным финансированием пользовали те университеты, которые показывали свою эффективность в хоздоговорной гонке, что, однако, в итоге приводило к доминированию в их фондах именно бюджетных средств, в то время как в университетах-аутсайдерах доля хоздоговорных средств доходила до 90 % всего вузовского бюджета.