Общим для всех трех периодов развития российских университетов является наличие в их структуре того, что в дореволюционной документации было принято называть «учебно-вспомогательными учреждениями» (ботанические сады; факультетские, терапевтические, хирургические и пр. клиники; астрономические обсерватории; институты; лаборатории; кабинеты; библиотеки; музеи). В советское время при университетах стали организовываться научно-исследовательские институты (НИИ). Сделать это предлагалось еще в императорский период, горячим сторонником создания НИИ в структуре университетов был, в частности, В.И. Вернадский. Университетские НИИ в советское время нередко пользовались автономией в распределении бюджета, организации внутреннего распорядка, кадровой политике, а порой, в силу привилегированного финансирования своей научной работы, даже могли вмешиваться в научную и кадровую политику, проводимую большими учеными советами университетов. В 1978 г. в СССР было выделено 70 вузов, в составе которых организовывались научные (научно-исследовательские) части под руководством проректора по науке. В частности, это произошло в Московском, Томском, Казанском, Саратовском, а также Вильнюсском, Тартуском, Ташкентском, Казахском и ряде других государственных университетов. Кроме НИИ, в университетах открывались опытно-конструкторские и технологические бюро, проблемные и отраслевые научно-исследовательские лаборатории. Эту научную инфраструктуру унаследовали и постсоветские российские университеты, хотя на протяжении последних 30-ти лет значение университетских и в целом вузовских НИИ планомерно снижается. Они утратили автономный статус, стали обычными структурными подразделениями университетов. Но в некоторых из этих НИИ (при ведущих университетах) продолжают реализовываться крупные научные проекты с использованием развитой материально-технической базы.