Статья носит проблемный характер. В ней анализируется современная практика организационного развития вузов, проблемы и трудности этого процесса, даются рекомендации по совершенствованию деятельности вузов в этой сфере. Традиционные форматы организации университетского образования нуждаются в развитии, создании новых моделей и структур. Поиски наиболее эффективных решений в организации университетов и их сетей определяли в последние годы повестку образовательной политики многих стран. Стратегия Минобрнауки России до 2020 года предполагает корректировку типологии и структуры вузовской сети путем сокращения количества вузов и их филиалов. Вместе с тем анализ реализации практики этой стратегии выявляет ряд проблемных мест, требующих ее корректировки. В статье проанализированы процессы возникновения и функционирования филиальной сети вузов, ее роли в решении проблемы доступности образования в условиях кризиса, обоснована необходимость корректировки подходов к сокращению этих вузовских структур в современных условиях, предложены новые способы и форматы деятельности филиалов, включая их статус подразделений сети вузов. Эти решения позволят сформировать более взвешенную политику структурных изменений и сохранить региональную разветвленность вузовской сети как важное условие доступности образования и обогащения социальной среды малых и средних городов страны. В статье также рассматриваются процессы слияния и присоединения вузов, проводится сравнительный анализ практик в этой сфере в ретроспективном и межстрановом аспектах. Ввиду прогноза большого количества присоединений для формирования опорных вузов рассмотрены ключевые проблемы этой формы организационных изменений вузов, предложены решения, обеспечивающие снижение конфликтности процессов слияния и повышения их эффективности. Важным направлением организационного развития вузов, рассмотренным в статье, являются конвергентные структуры, построенные на взаимопроникновении и взаимодействии участников. Проанализированы особенности таких структур, их роль в реализации стратегий вузов, ограничения и проблемы их деятельности, предложены рекомендации по совершенствованию политик организационного развития в отношении этих структур. Новизна статьи состоит в постановке проблем совершенствования подходов к оптимизации вузовских структур с учетом современных вызовов и трендов изменения внешней среды, обосновании необходимости разнообразия моделей организационного проектирования вузов с учетом их миссии и роли в социально-экономическом развитии регионов и отраслей. Статья может быть полезна экспертам, исследователям и практикам в области проектирования структур вузов.