В статье представлено описание методологии исследования по оценке социально-экономических эффектов реализации проекта по созданию федеральных университетов в интересах регионов, отраслей и системы образования на основе международной методики оценки роли вузов в региональном развитии Программы институционального управления в сфере высшего образования ОЭСР. Исследование выполнено в рамках проекта «Образование» по мероприятиям «Развитие сети федеральных университетов» и «Развитие сети национальных исследовательских университетов» в период с сентября по октябрь 2010 г. Дается подробное описание результатов адаптации международной методики оценки роли вузов в региональном развитии к российским условиям, в частности, становления и укрепления позиций федеральных университетов, а также программа социологического исследования, реализованного в двух федеральных университетах, ЮФУ и СФУ, основные методы сбора социологических данных, ожидаемые результаты.