На примере деятельности организационной структуры Томского комитета ученых в годы Великой Отечественной войны 1941-1945 гг. исследуются принципы, механизмы, а также формы и методы организации науки в военное время. Формально подчиняясь органам городской партийной власти, что зафиксировано в проектной и установочной документации органа, на деле комитет пользовался привилегией независимости, самостоятельно принимая решения об изменении состава комитета, реорганизации его внутренней структуры, начале тех или иных исследований, привлечении сотрудников определенных вузов, членов комитета к реализации научных проектов. Данное обстоятельство, а также формы организации научной жизни Томска, в годы войны определяемой комитетом, способствовали эффективному функционированию научного аппарата г. Томска. Проведение заседаний пленумов и президиума, создание временных и постоянных вспомогательных структур типа бюро, комиссий, бригад, коллегиальность в принятии постановлений служили делу скорейшего приближения Победы.