Традиционно советскую научную систему принято характеризовать как плановую. Это действительно так с тем лишь замечанием, что осуществлялось это планирование разными партийными и государственными структурами. В позднесоветское время это прежде всего Государственный плановый комитет и Государственный комитет при Совете министров СССР по науке и технике, отдельные министерства. Плановые направления формировались при решающем слове влиятельных сотрудников Центрального комитета КПСС. Наука в университетах и прочих вузах развивалась в соответствии с планами прежде всего Всесоюзного комитета по высшему техническому образованию (до 1936 г.), Всесоюзного комитета по делам высшей школы (до 1946 г.), Министерства высшего образования (с 1959 г. – Министерства высшего и среднего специального образования) СССР, республиканских министерств соответствующего профиля. Впрочем, университеты могли принять участие в процессе планирования: расчетные показатели по затратам на науку и развитие научной базы составлялись «на основе предложений министерств и ведомств СССР и Советов министров союзных республик». В данном аспекте велика была роль влиятельных посредников – руководителей названных министерств, прочих государственных и партийных деятелей. От этих посредников во многом зависели перспективы университетской науки. Еще начиная с 1920-х гг., научные деятели обзаводились связями в высших партийных и государственных кругах. При участии самих ученых начала складываться сложная система управления наукой. Устройство этой системы позволяло ученым маневрировать в созданной, в частности, их усилиями системе, которую Э.И. Колчинский назвал «архипелагом науки». 1950–1980-е гг. характеризовались расширением сотрудничества институтов и вузов в рамках работы над определенными тематиками. Это было по преимуществу связано с развитием междисциплинарных исследований, требовавших выхода за стены родного учреждения. Наступало время союзов учреждений, зачастую принадлежавших разным ведомствам. Коммуникация внутри этого «архипелага» была непростой. Преодоление ведомственных барьеров для многих университетов было почти нерешаемой задачей. Но, достигнув этого, университеты получали уникальную возможность присоединиться к приоритетно финансируемым академическим и отраслевым проектам.