Университеты рассматривались как центры развития российской науки, начиная с указа Петра Великого о создании Академии и университета (1724). Академический университет XVIII в. носил утилитарный характер, в том смысле, что не только подготовка студентов, но и иная профессиональная, в том числе научная деятельность профессоров и студентов в той или иной форме отвечала задачам, связанным с реализацией государственного заказа.  Ситуация стала меняться на рубеже XVIII–ХIХ вв. с распространением в российской интеллектуальной и академической среде идей т.н. гумбольдтовского (классического) университета. В рамках этой парадигмы занятие науками в университете рассматривалось как самоценность и отделялось от прикладных задач, который университет решал, как государственное учреждение. По существу, регламентация ученых занятий наукой в университете ограничивалось требованием ученого ценза для занятия той или иной позиции в университетской иерархии. Таким образом основной заказ на ученые занятия в российских университетах носил внутрикорпоративный(в этом смысле – инициативный) характер, а государственный заказ ограничивался проведением единичных экспертиз. В этом контексте университеты отличались от высших специальных учебных заведений, которые в пореформенный период в большей степени привлекались  к проведению исследований в интересах тех или иных ведомств.

Внутрикорпоративный инициативный характер организации научных исследований только усилился с принятием Университетского устава 1863, который открыл дорогу созданию научных обществ при российских университетах. Эти инициативные структуры стали одной из ключевых форм развития национальной науки второй половины XIX – начала ХХ в. Общества финансировались как отчислениями из средств университетов и других государственных учебных заведений, так и частных денег (средств негосударственных учреждений, членских взносов, пожертвований спонсоров/меценатов). Хотя основной формой деятельности обществ было проведение научных заседаний и издание научных трудов, они также организовали научные экспедиции, финансировали лабораторные исследования, в ряде случаев выступая в качестве самостоятельного подрядчика работ, финансируемых государством (например, деятельность Физико-химического общества при Петроградском университете в годы I Мировой войны). Общества также были коммуникационной платформой между университетскими учеными, Академией наук, преподавателями специальных высших учебных заведений и средней школой, учеными-практиками, популяризаторами науки. Смена парадигмы (от инициативной к директивной) связана со сменой политического режима и перехода к плановой экономике. В 1918-1921 гг. происходит ликвидация большинства научных обществ и начала формирования на их осколках в рамках университетов системы научно-исследовательских институтов. Однако к середине 1920-х гг. в составе университетов остаются только те из них, которые могут быть использованы в рамках социалистического строительства (а план их работы уже в большей степени определяется хозяйственными и политическими задачами государства). На рубеже 1920-х – 1930-х гг. происходит дальнейшее сужение поля инициативной научной работы и ее формализация на уровне планово-отчетной документации в рамках деятельности университетских подразделений. Эволюционируя в разных формах, эта традиция продержалась до конца советской эпохи.

В постсоветский период с усилением конкурсного начала в финансировании научных исследований роль собственной инициативы ученых вновь стала возрастать, что, в частности нашло отражение в активном включении университетов в инициативные грантовые проекты по разным отраслям знания.